出奇策。不久，司马懿转为丞相军司马。他指出荆州刺史胡修粗暴，南乡太守傅方骄奢，都不应驻守边防，曹*未予重视。同年六月，刘备继取汉中后，派孟达、刘封攻占汉中郡东部的房陵、上庸等地，势力有所扩展。七月，孙权欲攻合肥，魏军大部调动淮南防备吴军。镇守荆州的关羽，乘此机会率主力北攻荆襄。围魏将曹仁，水淹于禁七军，斩庞德。胡、傅二人果然乘机降蜀。
一时间关羽声势“威震华夏”，因汉献帝在许县，距樊城很近，曹*感到威胁，为避关羽锋芒，一度准备迁都河北。司马懿和曹椽蒋济及时劝阻：“于禁被水军所淹，不是战守上的失误，对于国家的大局并没有大损失，为此而迁都，即是向敌人示弱，又会使淮河汉水一带人心不稳；刘备、孙权外亲内疏，现在关羽坐大，孙权必定更不高兴，把这事告之孙权，使他牵制关羽，则樊城之围自解。”曹*从其计，孙权果然派吕蒙袭取江陵，关羽被其俘杀[9]。
司马懿的书法[10]此战利用孙、刘争夺荆州的矛盾，充分运用外交谋略，坐收渔利，不仅挫败关羽的强大攻势，解除了樊城之围，而且也使诸葛亮原定的一路向宛洛、一路出秦川的两面钳击中原的计划无法实现。更重要的是破坏孙、刘联盟，改变了当时的战略格局，掌握了主动权。
之后曹*认为荆州遗民及在颍川屯田的军民*近南方寇贼，想把他们牵走。司马懿认为：“荆楚轻脱，易动难安。关羽新破，诸为恶者藏窜观望。今徙其善者，既伤其意，将令去者不敢复还”。曹*听了他的建议，没有移民。之前藏窜逃亡者果然都复出归化[11]。
延康元年（220年），曹*去世，朝野危惧，司马懿管理丧葬诸事，内外肃然。
同年，曹丕即魏王位，司马懿受封河津亭侯，转丞相长史。当时孙权正率军向西。朝臣们认为樊城、襄阳缺乏粮，不能抵御吴军，请召守将曹仁回驻宛城。司马懿则表示：“孙权刚刚打败关羽，正是他想和魏国结好的时候，一定不敢为患。襄阳是水陆交通要地，不能放弃”。曹丕没听其建议，命曹仁放火烧毁二城。后来孙权果然没来入侵。曹丕悔之不及。[12]辅政平乱同年，曹丕登皇帝位，史称魏帝。登基后，任命司马懿为尚书，不久转督军、御史中丞，封安国乡侯。
黄初二年（221年），免去督军官职，升任侍中、尚书右仆射。
黄初三年（222年），和黄初五年（224年），曹丕两次伐吴，都以司马懿镇守许昌，并改封司马懿为向乡侯。黄初六年（225年）春二月，转任抚军大将军、假节，领兵五千，加给事中、录尚书事。司马懿辞让，曹丕：“吾于庶事，以夜继昼，无须臾宁息。此非以为荣，乃分忧耳。”
同年，曹丕又大兴水军攻吴，仍命司马懿留守，“内镇百姓，外供军资”。临行，下诏书给司马懿：“吾深以后事为念，故以委卿。曹参虽有战功，而萧何为重。使吾无西顾之忧，不亦可乎！”。后曹丕由广陵回师洛阳，又下诏对司马懿：“吾东，抚军当总西事；吾西，抚军当总东事。”于是司马懿留镇许昌。
黄初七年（226年）五月，曹丕驾崩，享年四十岁。临终时，令司马懿与中军大将军曹真、镇军大将军陈群、征东大将军曹休为辅政大臣。曹丕对太子：“有间此三公者，慎勿疑之。”明帝即位，改封司马懿为舞阳侯。
孙权得知魏帝去世后，于八月出兵攻魏。命吴左将军诸葛瑾部兵分两路进攻襄阳，亲自率军进攻江夏郡。孙权一路为魏军所败，遂撤兵而走。而诸葛瑾则被司马懿击败，并斩杀吴将张霸，斩首千余级（《三国志.明帝纪》）。十二月，升任骠骑将军。
擒斩孟达兵贵神速太和元年（22年）六月，明帝命司马懿驻扎宛城，加督荆、豫二州诸军事。
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